Vị trí: Thôn Ngọc Thanh, xã Ngọc Linh, huyện Vị Xuyên, tỉnh Hà Giang

Chùa Nậm Dầu thuộc địa phận thôn Ngọc Thanh, xã Ngọc Linh là di tích phân bố trên gần đỉnh núi Nậm Dầu, nằm cách trung tâm thôn Ngọc Thanh 1km về phía tây, bên dòng sông Lô uốn lượn.

Chùa Nậm Dầu được phát hiện từ rất lâu, song chùa đã bị mục nát và phá hủy, không có người trùng tu, tân tạo, bảo vệ. Khu vực quanh chùa bị nhân dân phát phá làm nương rẫy. Đến năm 1979 một số hộ dân sơ tán từ Thanh Thủy về, đã lấy cây que gác lều đá, lấy ngói che lều và bát hương thờ.

Đến năm 1994 một số cụ già bên Thị trấn Vị Xuyên sang tu sửa lại thành một căn thờ  3 gian nhà gỗ. Một thời gian sau nhà gỗ bị mối ăn, các cụ già ở Thị trấn Vị Xuyên, Ngọc Linh, Linh Hồ và một số xã lân cận đã công đức xây dựng lên ngôi chùa như hiện nay.

Trước kia do không rõ nguồn gốc nên chùa được goi là đền Nậm Dầu (đền Đôi cô Nậm Dầu). Đến năm 2007 sở văn hóa Hà Giang kết hợp một số ngành chức năng tiến hành khảo sát, qua khảo sát và phát hiện những vật liệu xây dựng còn lại trên chùa đã khẳng đinh những vật liệu, kiến trúc chùa thời đó là kiến trúc đời Trần (cuối thế kỷ XIII, XIV).

Qua khảo sát đánh giá với những di vật còn lại Sở văn hóa hà Giang đã lập hồ sơ đề nghị Bộ văn hóa công nhận. Đến tháng 9/2009 chùa đã được Bộ văn hóa công nhận là di tích cấp quốc gia (Di tích khảo cổ chùa Nậm Dầu).

Từ đó đến nay, chùa được mang tên chùa Nậm Dầu. Chùa đã được chính quyền, nhân dân địa phương và du khách thập phương chung tay bảo vệ, dần khôi phục lại các hoạt động, các di tích theo hoạt động của chùa.